NPI ČR je přímo řízenou organizací Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy. Zajišťuje přenos vzdělávacích inovací z centrální koncepční úrovně do školské praxe v regionech. Vytváří rámcové vzdělávací programy pro předškolní, základní, základní umělecké a střední vzdělávání. Stará se o metodickou podporu škol a pedagogů a cílené vzdělávání pedagogických pracovníků. Významnou roli v podpoře škol v regionech mají krajská pracoviště NPI ČR.
Národní pedagogický institut České republiky je školským vzdělávacím, metodickým, kurikulárním, výzkumným, odborným a poradenským zařízením pro řešení otázek předškolního, základního, středního a vyššího odborného vzdělávání. Zasahuje rovněž do oblasti základního uměleckého, jazykového, neformálního, zájmového a dalšího vzdělávání.
